黄曲霉毒素属于剧毒物质，其毒性超过眼镜蛇和金环蛇的毒汁等，比氰化钾毒性高倍以上，比砒霜大68倍。它也是目前已知最强致癌物之一，被世界卫生组织的癌症研究机构划定为1类致癌物。其中黄曲霉毒素B1的致癌作用最强。看到这里或许有人会紧张了，黄曲霉毒素毒性这么强，还会致癌，主要影响什么脏器呢？黄曲霉毒素一旦进入人体后，在肝脏中的量较其他组织器官为高，说明肝脏受黄曲霉毒素的影响最大。肾脏、脾脏和肾上腺也可检出，但肌肉中一般不能检出。既然黄曲霉毒素主要在肝脏内代谢，那么其危害性主要在于对肝脏组织的破坏。当短期内大量摄入时，可发生急性中毒，导致肝脏出血性坏死、肝细胞脂肪变性和胆管增生；当长期少量摄入时，可造成肝脏出现慢性损伤，如肝实质细胞变性、肝硬化等。黄曲霉毒素可诱发多种癌，特别是肝癌，另外还可诱发胃癌、肾癌、结直肠癌、卵巢癌等。
另一方面，从黄曲霉毒素十分耐热，在一般烹调及加工的温度下很难被破坏，加热至℃才会开始发生裂解。因此，为了避免黄曲霉毒素危害健康，最关键的措施在于保证饮食的安全。然而真菌在自然界中普遍存在，要预防粮油食品百分之百不被污染是非常困难的，目前世界各国的权威机构只能设定一个“最高允许量”，只要不超过那个标准，危害就小到可以忽略了。
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