主要病因
几乎肝内胆管的每个部位都可以产生结石胆道寄生虫病
最常见的是胆道蛔虫病和中华分支睾吸虫感染。
感染
感染是导致结石形成的首要因素，感染细菌主要是肠道菌属，差不多所有病人的胆汁培养均有细菌生长，其中最主要的是大肠杆菌，厌氧性细菌亦较常见。
胆汁淤滞
是原发性胆管结石形成时的必要条件，因为只有在淤滞条件下，胆汁中成分才能沉积并形成结石。
胆管解剖变异
左肝管结石的发病率较右肝管高，主要由于左肝管汇入肝总管所形成的弯曲度较大，导致胆汁的流出不如右肝管顺畅，从而使胆汁处于相对滞留状态，更易于促进结石形成。
胆道免疫反应
近年来国内的临床与实验室研究均提示胆石形成与胆道系统的局部免疫反应关系密切。胆道系统在发生上来源于肠道，具有消化道解剖学结构的共同特点，故对胆汁中抗原物质起免疫应答反应的能力。
营养因素
环境因素及社会经济因素已经被证实是肝内胆管结石的重要发病因素，这种疾病多发生在经济水平差的农村地区，低蛋白饮食会导致β-葡萄糖醛酸酶的抑制药水平下降，导致胆色素降解增加、胆色素钙结石形成。
诱发因素
饱餐、进食油腻食物导致血液和胆汁中的胆固醇含量升高，极易形成结石。
流行病学
在临床上，肝内胆管结石占原发性胆结石的13.7%~50.0%，但在尸检时，38.0%~82.3%的原发性胆管结石病人肝内胆管含有结石。临床上早期发现的肝内胆管结石以位于左外上、右后下段肝胆管较常见。在我国的不同地区，肝内胆管结石的相对发病率有较大的差别，主要发生于我国及东南亚各国，如菲律宾、日本等国家，欧美文献报道肝胆管结石仅占全部胆管结石的5%~8%，几乎仅见于亚洲移民，日本为3%~25%，肝内胆管结石病是我国的常见病，在华南、西南、长江流域及东南沿海等区域多见。
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